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学校校本部设有11个学院1个研究中心，包括基础医学院药学院公共卫生学院护理学院生物医学工程学院中医药学院医学人文学院全科医学与继续教育学院马克思主义学院国际学院燕京医学院，脑重大疾病研究中心学校现有22所临床医学院其中20所为附属医院，包括首都医科大学宣武医院第一。

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